Madrasah Aliyah Negeri 2 Pangandaran berasal dari Madrasah Aliyah Swasta “Madrasah Aliyah Nahdlatul Ulama (MANU) Al-Hamidiyah”   yang didirikan pada tanggal 17 Juli 1988  dan diresmikan pada tanggal 24 Juli 1988 oleh Drs.H.O.Djakaria selaku Kepala Kantor Depatemen Agama Kabupaten Ciamis. MANU didirikan oleh Yayasan Pesantren Al-Hamidiyah dalam rangka memperluas lembaga pendidikan di Pesantren Al-Hamidiyah.

Setelah berjalan selama kurang lebih Sembilan tahun MANU Al-Hamidiyah berubah status menjadi Madrasah Aliyah  Negeri Pangkalan dengan keputusan Menteri Agama nomor 17 tahun 1997. Perubahan status ini mempunyai dampak sangat positif terhadap perkembangan lembaga. Secara berangsur–angsur MAN Pangkalan berusaha meningkatkan diri baik pengembangan fisik/Sarana Prasarana maupun non fisik/ Akademik.

Pada tahun 2015 Madrasah Aliyah  Negeri Pangkalan berubah nama menjadi MAN 2 Pangandaran berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 212 Tahun 2015 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Barat.

Dalam upaya mengembangkan kemampuan peserta didik, pendidikan di MAN 2 Pangandaran berpegang pada asas keseimbangan antara kreativitas dan disiplin, antara persaingan dan kerjasama serta antara tuntutan dan prakarsa.